宝宝吃胃蛋白酶好不好取决于宝宝是否存在胃肠功能紊乱，如果没有适应证，不建议给宝宝吃胃蛋白酶，有可能造成依赖性。如果宝宝有消化不良的情况，遵医嘱给宝宝吃胃蛋白酶就有一定好处。
如果宝宝存在胃肠功能紊乱，在医生指导下给宝宝吃胃蛋白酶，能够人为补充宝宝体内缺乏的消化酶，改善消化功能，从而改善消化不良的症状。但如果宝宝没有任何不适，就不建议给宝宝吃胃蛋白酶，因为长时间给宝宝吃胃蛋白酶，可能会导致宝宝自身胃内分泌的蛋白酶量减少，从而对胃蛋白酶产生依赖性。一旦停止胃蛋白酶的服用后，反倒容易出现胃肠功能紊乱，消化不良，甚至会引起宝宝出现脾胃功能异常的情况。
如果宝宝吃了胃蛋白酶后，出现不良反应，要立即停止用药，带宝宝到医院就诊。还要注意胃蛋白酶不能够与抗酸药物、碱性物质同时吃，可能会导致胃蛋白酶的活性降低。胃蛋白酶还不能与铝制剂一同吃，两种药物可能会相互拮抗，导致两种药物的作用同时降低，因此用药需谨遵医嘱。