一咬牙根部就疼，可能是患有龋齿、根尖周炎、牙龈萎缩、牙齿劈裂等疾病，具体原因不可一概而论，需要结合伴随症状，经专业医师检查诊断后，进行对症治疗。
1、龋齿：患者存在龋齿时，如果龋齿较深，暴露牙神经，咬牙时触碰到神经会出现疼痛症状，此时通常建议配合医生对龋洞进行填补，如果情况较为严重，出现牙神经炎时，可能需要进行根管治疗。
2、根尖周炎：如果为急性根尖周炎，咬牙时根部可能出现明显疼痛，伴有牙齿伸长感等不适表现，严重者疼痛会放射至面部，或者在夜间容易发作，可根据牙齿具体情况进行根管治疗。
如果为慢性根尖周炎，则咬合时疼痛可能不太明显、剧烈，通常伴有咀嚼无力或咀嚼不适表现，可通过X线片、牙CT观察患牙周围是否存在低密度影进行确诊，根据不同情况在医生指导下采取不同治疗措施，如拔除牙齿等。
3、牙龈萎缩：临床表现包括牙本质过敏、牙冠变长等，咬合时由于刺激到神经或牙冠等部位，也会出现疼痛不适症状，此时可以根据牙齿情况，在医生建议下进行牙齿脱敏或根管治疗，一般可缓解不适症状。
4、牙齿劈裂：如牙根纵裂或牙冠劈裂等情况发生时，可能会出现疼痛症状，在牙齿咬合时加重，此时可通过牙片、X线片或牙CT进行确诊，根据牙齿裂开程度，配合医生进行相关操作，如拔除牙齿局部裂开部位、拔除整颗牙齿，或根管治疗后修复损坏牙齿等。
此外，当颌骨囊肿或者肿瘤继发感染时，可能会出现咬牙时根部疼痛、局部肿大等症状，一般进行刮治、牙齿拔除、根管治疗或手术治疗后，疼痛情况会得到缓解。
建议及时到专业医疗机构就诊，结合临床检查和必要的辅助检查，比如X线片、CT等，明确诊断以后再采取相应的治疗方案，以免延误治疗，对机体产生不良影响。