条件反射受大脑控制，条件反射是指外界刺激与有机体反应之间建立的暂时神经联系，需要大脑皮层的参与。条件反射是在经过后天学习后逐渐形成，属于高级神经活动的方式。
根据引起条件反射的信号种类，可分为第一系统信号反射和第二系统信号反射。第一系统信号反射是指由视觉、触觉、听觉等信号为条件刺激形成的反射，属于人以及动物共有的神经活动。第二系统信号反射是指由语言条件刺激形成的反射，属于人特有的发射。
与条件反射相对应的是非条件反射，是先天形成的，不需要经过后天学习而掌握，也不需要大脑记忆中枢参与，属于生物在进化中形成的本能反射，包括缩手、膝跳、眨眼以及排尿反射等。
此外，大脑还控制内分泌以及运动等多系统，如果出现异常改变，如感知觉丧失、膝跳反射消失等情况，应积极至神经内科就诊，完善相关检查后遵医嘱进行处理，排查神经系统疾病，如帕金森病、阿尔茨海默病、脑卒中等疾病。日常应注意保护自身，避免出现意外损伤诱发疾病。