吞咽时喉咙一侧有刺痛，可能是生理因素引起，一般就医及时解除诱因即可，但若伴有其它不适症状，则需考虑也可能是由于病理因素导致，需到医院进一步检查、明确病因后对症治疗。
一、生理因素：
如果是进食不当，在进食鱼刺、较为尖细的枣核等食物时，可能卡在喉咙一侧，在吞咽的时候出现喉咙一侧有刺痛的情况。应及时到医院，请专业医生使用专用工具将其取出，一般可缓解不适症状。
二、病理因素：
1、炎症：主要见于细菌或病毒感染导致急性扁桃体炎、扁桃体周围脓肿、急性会厌炎等炎症时，引起吞咽时喉咙一侧有刺痛，可观察到咽部充血、红肿，或伴有声音嘶哑、咳嗽等症状，建议在医生指导下使用抗生素治疗感染如头孢菌素等，还可利用超声雾化的方式改善局部症状，若形成脓肿需及时穿刺抽脓以促进脓肿消退；
2、溃疡：如果喉咙一侧出现溃疡或单侧扁桃体溃疡时，也会出现喉咙部位的刺痛感，应注意及时漱口、保持口腔清洁，若症状较为严重需及时就医，可以使用喉剑喷雾剂缓解，扁桃体溃疡在必要时可能需切除扁桃体治疗。
除以上原因外，还有其 他的可能性疾病，比如肿瘤，患有扁桃体癌时，也会出现吞咽时喉咙一侧有刺痛的症状，并可引起同侧反射性耳痛，建议完善相关检查，如静脉抽血、CT、病理组织活检等，了解病变组织的细胞分期，为进一步治疗做准备。