患者在正规医院做肠镜一般不会感染艾滋病，艾滋病是人类免疫缺陷病毒引起的慢性传染病，临床上公认的艾滋病病毒传播途径主要有三种，分别是性接触传播、血液接触传播和母婴传播。
患者在正规医院做肠镜前，会进行艾滋病抗体的检测，抗体阳性的患者一般不会与健康人使用同一台机器，而且每次进行肠镜检查后，仪器会通过正规的程序进行彻底消毒，以杜绝血液传播疾病经此途径传播的可能。虽然在理论上做肠镜有传播艾滋病病毒的可能，但实际上在各地正规医院进行胃镜、肠镜等介入性操作，安全性较高，且艾滋病病毒在外界难以存活，因此仪器通过消毒处理后，一般不会存留艾滋病病毒。
此外，艾滋病病毒存在于血液、精液、阴道分泌物等，性接触传播是主要的传播途径，艾滋病病毒主要是通过性接触摩擦所导致的细微破损，侵入机体而致病。为预防艾滋病，患者应固定性伴侣，进行安全的性行为，还应避免使用未经严格消毒的注射器、皮肤穿刺工具，如打耳洞等，生活中避免与他人共用剃须刀等个人物品。