人的口腔有超过十亿数目的细菌和病毒量，而这些细菌多达上万种。细菌和病毒可附着在牙齿表面、牙龈上、黏膜表面和唾液中。
这些细菌主要包括放线菌、变形链球菌、葡萄球菌、双歧杆菌、梭形杆菌、乳杆菌、消化球菌、消化链球菌、丙酸杆菌、密螺旋体菌和韦荣球菌等。在这些细菌中，变形链球菌、乳杆菌、放线菌等，参与龋病的发病和进展；葡萄球菌、消化链球菌等参与牙髓炎、根尖周炎的发病和进展；梭形杆菌、乳杆菌、螺旋体等参与牙周疾病的发病和进展；此外，还有较多细菌和病毒在医学上没有发现其功能和作用。
人的口腔内病毒以DNA病毒和RNA病毒两类为主，DNA病毒包括人乳头瘤病毒、疱疹病毒、水痘带状疱疹病毒、EB病毒等；RNA病毒包括正黏病毒和副黏病毒。这些细菌和病毒可在机体免疫功能下降时诱发相应疾病，但常规下状态较稳定，不会引发疾病。
因此，这些细菌和病毒在口腔内的种类和数量会形成一个稳定、平衡的状态。一旦出现菌群失调、微生物失调，就会产生各种各样的口腔疾病，如龋病、牙髓炎、根尖周炎、牙周炎、口腔鳞状乳头瘤和疣等。