状元丸并无明确毒副作用，通常不会对大脑造成危害，但也不建议长期使用，以免刺激胃肠道，或加重肝肾的代谢负担，对身体健康造成不良影响。
状元丸是一种中成药，主要由熟地黄、地黄、天冬、麦冬、玄参、人参、茯苓、甘草、当归、丹参等成分组成，可以起到养心滋肾、健脑安神的功效，主要用于治疗心肾不足，用脑过度引起的失眠健忘、虚烦多梦、心悸不安、目暗耳鸣、精神疲倦等症状。状元丸的主要成分都是中药药材，无明确毒副作用，属于相对安全有效的药物，通常不会对大脑造成危害。但如果长期或大量用药，容易刺激肠胃引起胃肠不适。另外，药物在进入人体后，大都经肝肾代谢，因此过量用药还可能会加重肝肾的代谢负担，严重时可能影响肝肾功能，对于肾脏功能不全的患者需禁止服用，以免加重肝肾损伤。
患者在使用状元丸前，一定要先经专业医生准确辨证，然后遵医嘱对证用药，切忌自行盲目服药，以免药不对证，无法起到较好的治疗效果。