新生儿脑脊液检查一般情况下对宝宝没有影响，新生儿脑脊液检查对于各种神经系统疾病的诊断有重要意义，如新生儿神经系统损伤，有时临床症状不典型，可能无法通过呼吸暂停、感染症状、意识状态等进行诊断，通常需要进行脑脊液检查。
新生儿脑脊液检查是采用无菌技术操作，从腰椎穿刺或脑室引流中获得脑脊液标本，通常需要留取3-4管，每管需要取1ml。新生儿的脑脊液可以不断产生，且检查的整个过程是在局麻下进行，可能只需要几分钟，一般不会对新生儿产生影响。正常情况下脑脊液清亮、无色、透明，如果存在感染性疾病或者非感染性疾病，可能导致脑脊液颜色和清亮度发生改变，如脑脊液中的白细胞和红细胞增多，可使脑脊液呈云雾状或明显浑浊等。
新生儿进行脑脊液检查时可能会出现黄色的脑脊液，一般比较常见，可能是分娩前或分娩过程中发生的无症状颅内出血，也可能是蛋白质含量过高导致，建议及时进行其他检查。