正常情况下，马桶里的细菌对于人体的危害微乎其微，虽然马桶在冲刷时，如果不盖上盖子，马桶内的细菌可以随着涡流上升，高度可达6米，所以很多人担心马桶的细菌会对人体产生危害，但其实并不会出现多大影响，大可不必过于担心。
首先，只有少部分的致病菌可以随着涡流产生的气旋上升，比如大肠杆菌、痢疾杆菌、结核杆菌、沙门氏菌等细菌，这些细菌可能会感染人体，对人类造成影响，但是这些细菌一般只能在马桶周围存在，且存活的时间有限，一般很难达到可以侵犯人体的要求，不必担心会对人体产生影响。其次，只有结核杆菌存活时间较长，漂浮范围较广，容易造成结核的反复感染，然而基本上结核患者都会进行单独隔离，通过马桶这种方式导致其他人群感染结核病的几率非常低。
因此，如果担心马桶的细菌对人类造成危害，或者有心理影响，建议在马桶冲水的时候盖上盖子，同时对马桶定期进行消毒，比如使用84消毒液冲刷，或者常规马桶洁厕剂冲洗，并且保持卫生间内处于通风状态，勤换马桶坐垫，并注意清洗马桶外围，这些方式都可以有效避免马桶内细菌对人体产生危害。另外，一些细菌性痢疾、胃肠道结核病的患者，如果正处于疾病急性期，应注意尽量单独使用卫生间，并及时消毒，以防传播给家人。