甲状腺乳头状癌的转移顺序，首先会转移到中央区(Ⅵ区)，即喉前带状肌所覆盖的区域，其次会转移到侧区，较常见是Ⅲ区和Ⅳ区淋巴结，部分病灶会转移到Ⅱ区和Ⅴ区淋巴结，少部分病灶会转移到对侧淋巴结，极少部分患者的病灶会出现远处转移，转移到骨、肺。Ⅱ区是气管前淋巴结，Ⅲ区是气管旁淋巴结，Ⅳ区是甲状腺周围淋巴结，Ⅴ区是上内颈深淋巴结。甲状腺乳头癌的转移与肿瘤的位置、大小、肿瘤细胞学特征，以及分子上是否有突变有关系。
如果是位于甲状腺上极的乳头状肿瘤，可能不会出现中央区转移，而直接出现侧区的Ⅲ区、Ⅳ区转移，称为跳跃转移。另外，较大的肿瘤可能会出现对侧中央区转移，同侧从中央区转移到侧区。如果肿瘤的病理类型是侵袭性细胞类型，比如高细胞型、柱状细胞型以及靴钉型，也容易出现淋巴结转移，甚至会出现广泛淋巴结转移。如果分子特征是有BRAF基因突变、TERT启动区突变、双突变的甲状腺乳头状癌，则更容易出现淋巴结转移，也容易出现局部侵犯的情况。
如果在中央区出现1cm左右的甲状腺乳头状转移癌，或者侧区出现>1.5cm的甲状腺乳头状转移癌，则需要进行处理。因为甲状腺乳头状 癌出现淋巴结转移的情况较常见，所以不要过于惊慌。如果淋巴结肿瘤不继续长大、不出现数量增多，则可以继续观察，不一定需要立即进行手术处理，也可以通过吃左甲状腺素钠片，让淋巴结转移的发生率下降，并且抑制肿瘤的生长和再次转移。