深呼吸肩胛骨缝疼，可能是不良姿势、外伤导致的，也可能是颈肩肌筋膜炎、肩周炎或是呼吸系统疾病等导致的，建议前往医院相应科室进行治疗。
1、不良姿势：长时间进行某个固定的姿势，比如频繁使用肩部劳动或运动，可能导致肩胛骨周围的肌肉持续紧张，甚至发生劳损，在深呼吸时可能牵扯附近组织，引发肩胛骨缝的酸胀、疼痛、疲劳感。一般通过适当休息，避免经常劳累，能够改善症状。
2、外伤：如果肩胛骨部位受到外力刺激，如撞击或过度用力拉伸等，可能导致软组织损伤，甚至骨折，从而引发骨缝疼痛、活动受限等症状，深呼吸时可牵拉到病损处，疼痛会加重。建议在受伤24小时内冰敷，并保持局部制动，抬高受伤部位，有助于减轻不适。
3、颈肩肌筋膜炎：主要是指颈肩部位的筋膜、肌肉、肌腱和韧带等软组织，发生无菌性炎症，可引起局部疼痛、僵硬、无力等症状，此类患者在深呼吸时可加重不适感。此时，建议在医生的指导下进行热敷、按摩等，能够缓解疼痛症状。
4、肩周炎：是肩关节周围软组织出现不明原因的无菌性炎症，可导致肩胛骨周围软组织的炎症和粘连，还可影响正常活动，并引发肩胛骨缝的压痛、活动受限等。建议患者避免长时间劳作，保持休息，同时需要遵医嘱使用塞来昔布胶囊、洛索洛芬钠片等药物治疗。
5、呼吸系统疾病：如支气管肺炎、胸膜炎等，均可导致深呼吸时肩胛骨缝疼，与内脏神经受到刺激有关，进行深呼吸时会使肺部扩张，并刺激病变部位，以为是肩胛骨缝的疼痛。此时，患者需要积极治疗肺部疾病，如遵照医嘱使用阿莫西林胶、头孢克肟颗粒等控制炎症。
除了上述情况，还可能和胆道疾病、心脏疾病等有关，建议及时针对性治疗。在日常生活中，适当运动有助于增强体质，但也需根据自身情况判断。