甲状腺囊肿归属中医瘿瘤、囊瘿的范畴，发病原因是正气不足、外邪入侵，导致经络、脏腑气滞、痰凝等变化，气、血、痰在颈部凝聚，继而逐渐形成甲状腺囊肿。针对这种情况，中医方面可通过辨证论治，在破瘀散结的基础上运用疏肝解郁、清肝泄热、益气健脾、养阴化痰等方式，使用中药或中成药进行治疗，另外还可应用外治法进行治疗。
一、使用中药或中成药：
1、疏肝解郁：主要表现为颈部出现肿块，随吞咽上下移动，不痛，伴有胸闷、情绪抑郁或者易怒、脉弦等症状，多用柴胡疏肝散、逍遥散进行治疗，可疏肝理气、活血止痛，改善甲状腺囊肿导致的不适症状；
2、清肝泄热：患者可表现为颈部肿块突然增大，病变部位表面光滑，张力大，可能伴有压痛，病变随吞咽动作而上下移动，伴有烦躁、易怒、口干、口苦、舌红、脉弦或大便干结、小便黄赤等症状。此时可以遵医嘱使用清脏腑热、清泻肝胆实火的中成药进行治疗，如龙胆泻肝丸、清肝利胆口服液等；
3、益气健脾：患者常表现为颈部表面光滑，不痛不痒的肿块，随吞咽动作上下移动，伴有食少纳呆、食后腹胀、大便溏薄等症状，也可能出现少气懒言、面色少华、四肢倦怠、舌淡苔白、脉缓等表现。此时可以使用加减六君子汤，通过益气健脾、燥湿化痰的功效进行治疗；
4、养阴化痰：如果患者除了颈部肿块，还有头晕目眩、口燥咽干、手足心热、舌红少苔、脉弦数等表现，可遵医嘱使用沙参麦冬汤和海藻玉壶汤进行治疗，通过其化痰软坚、理气散结、滋阴泻火的功效进行治疗。
二、外治法：
可以在甲状腺囊肿外用阳和解凝膏，通过温阳化湿、消肿散结、祛风逐寒、消肿破坚、舒筋活络的作用，增加病变周围气血运行，带动甲状腺囊肿周围的气、血、痰，使其不再停滞，从而使甲状腺囊肿消退。
如果应用中医治疗3个月后，甲状腺囊肿的肿块无明显缩小或肿块质地变硬，应及时前往医院就诊，通过西医的手术方式切除病变，以免病情加重而影响患者健康。