扁桃体发炎、咳嗽有痰时，可根据引发扁桃体炎症的具体原因，在专业医师的指导下，进行对应的药物治疗，可使用抗炎药物、抗过敏药物、止咳化痰药物。
1、抗炎药物：需明确引起扁桃体炎症的具体致病菌，选用合适的抗炎药物。如溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌、流感杆菌等细菌类感染疾病导致扁桃体发炎、咳嗽有痰时，可能伴有发热等全身炎症反应，可使用青霉素类或头孢类抗生素进行治疗，如青霉素、阿莫西林、头孢克洛、头孢克肟等，若出现腺病毒、流感病毒或副流感病毒等病毒感染导致扁桃体发炎、咳嗽有痰时，可能伴有咳黄色脓痰表现，建议对症使用抗病毒药物，如抗病毒颗粒、蒲地蓝消炎口服液、四季抗病毒合剂等；
2、抗过敏药物：若过敏导致咳嗽较为剧烈，建议使用抗过敏药物如盐酸西替利嗪片、氯雷他定片、孟鲁司特钠片等，能够降低患者气道敏感性，改善咳嗽的症状；
3、止咳化痰药物：如化痰消咳片、标准桃金娘油肠溶胶囊、桉柠蒎肠溶软胶囊、盐酸氨溴索等化痰药，有利于缓解有痰的症状，也可服用克感利咽口服液、肺力咳胶囊等止咳药缓解咳嗽症状；
若出现扁桃体炎症时，一般采用抗生素进行治疗，通常使用1周左右治疗效果较为明显。日常生活中需清淡饮食，避免吃辛辣、刺激性食物，如积极采取药物对症治疗后，扁桃体依然反复发炎，可考虑进行扁桃体切除手术。