合理进行氧疗一般不会出现副作用，但如果氧浓度比较高，且持续性吸氧，就会引起副作用，主要包括氧中毒、肺不张、呼吸道分泌物干燥、晶体后纤维组织增生、呼吸抑制。
1、氧中毒：如果氧浓度比较高，且持续性吸氧，机体吸入高压力的氧后，会导致肺部细胞损害、出现氧中毒，造成肺实质的改变，影响肺部功能，造成呼吸不畅，患者可出现胸骨下方疼痛、灼烧感、呼吸增快、呕吐、干咳等氧中毒的症状，还可能会出现乏力、头昏、头痛，甚至昏睡、昏迷的现象；
2、肺不张：患者吸入高浓度氧气时，肺泡中原本的气体被氧气置换，出现一个或多个肺段或肺叶的容量或含气量减少，如果没有及时进行处理，支气管阻塞时肺泡内的氧气会被肺循环血液迅速吸收，从而引起肺不张，患者可出现心跳和呼吸增快、血压升高、呼吸困难、昏迷等症状；
3、呼吸道分泌物干燥：氧气是一种干燥性气体，患者在进行氧疗的过程中，如果氧流量过大，会导致呼吸道及咽喉黏膜比较干燥、分泌物黏稠，使患者出现鼻黏膜充血、咽痛等症状；
4、晶体后纤维组织增生：多见于早产儿吸氧，受氧疗压力影响，可刺激早产儿眼部毛细血管及视网膜处的血管收缩，造成膜体纤维化；
5、呼吸抑制：Ⅱ型呼吸衰竭的患者在长期氧疗的影响下，会造成体内二氧化碳潴留，一旦吸入高浓度氧气就容易加重呼吸中枢负担，出现呼吸抑制的情况。