一般芒果核发芽了不建议继续吃芒果肉，芒果核发芽通常表明芒果放置时间过长，因此，在芒果核发芽的同时还可能存在果肉的腐烂变质。若芒果的外皮或果肉已经出现大面积发黑、腐烂等现象，或表皮发黏，存在酸臭味、腐臭味等异常气味，则表明已经变质，此时不建议继续吃芒果肉，否则可能会引起食用者出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、心悸等症状，甚至引发食物中毒，对身体产生一定的危害。
即使芒果整体不存在变质的问题，但芒果发芽的过程会破坏其中维生素、胡萝卜素、矿物质等大量营养成分以及水分，造成芒果本身的营养价值降低、口感变差，而且还有可能在发芽过程中产生酸类物质、酶类物质等，降低食用价值，因此也不建议继续吃芒果肉。
如有保存芒果的需求，可将芒果放于保鲜膜或保鲜袋中，密封得当后放入冰箱冷藏保存，或放置于透气、阴凉处保存，有助于降低芒果核发芽、变质的几率。