CT与核磁共振检查都是头部病变比较常用的检查，对于发现明显的器质性病变都有帮助，各有优缺点。如果经常头疼，建议及时就医，在医生的指导下根据患者具体情况选择检查方式。
在临床有时很多病灶在CT上难以发现，需要进一步进行核磁共振，可以有效发现脑部病变，尤其对于后循环，包括脑干、小脑、延髓等部位的病变，以及早期、微小的脑梗死，都可以及时发现。而且核磁共振相对无辐射，对机体伤害较小，但价格比较高，检查时间比较长，对患者要求较高，有些医院也可能没有核磁共振。因此，对于时间充裕、预算较足的患者可以优先考虑核磁共振。
虽然CT相较核磁共振的敏感性较差，但操作较简单，而且对脑出血的病灶较敏感，可以明确诊断，价格也比较便宜，检查时间较快，对设备的要求较低，很多医院都可以做。对于预算稍低的患者而言可以先行CT检查，排除相关病变。