在按照说明书合理应用，不滥用或过度使用的前提下，儿童用糠酸莫米松鼻喷雾剂一般不会有副作用或者副作用较轻。但如果擅自使用，造成使用不当，也可能会发生严重危害。
糠酸莫米松鼻喷雾剂是鼻用糖皮质激素的一种，主要用于治疗季节过敏性鼻炎和常年过敏性鼻炎，是治疗过敏性鼻炎的一线药物。正常情况下，儿童在刚开始使用糠酸莫米松鼻喷雾剂时，可能会出现鼻腔局部的烧灼感或者刺激性感觉，如果长时间使用，部分儿童可能会有鼻干、鼻出血和鼻腔黏膜萎缩等状况。这些均属于药物正常反应，多在停用药物5-7天后，鼻腔黏膜可自行恢复。
但若擅自使用、滥用或过度使用糠酸莫米松鼻喷雾剂，可能会发生内分泌功能紊乱，影响下丘脑-腺垂体系统。此外，部分儿童可能会发生过敏现象，出现血管性水肿或味觉嗅觉干扰的情况，此时应立即停药，及时就医。