第三脑室和第四脑室通常是通过中脑导水管连接，并且第三脑室还通过两侧侧孔与第一脑室和第二脑室相连接，通过侧孔与侧脑室相连接等。
正常人脑内有四个脑室，第三脑室位于脑内侧室下方，第三脑室一般形状不规则，下方为下丘脑，后方为底丘脑，第三脑室和第四脑室通过中脑导水管连接，第四脑室位于延髓、小脑和脑桥之间，四脑室再通过正中孔、中央导水管与小脑延髓池相连接，与延髓蛛网膜下腔相通。脑脊液主要在蛛网膜下腔通过脑室脉络膜组织进行分泌后，通过相关的脑室部位进行吸收，从而形成脑脊液循环。脑和脊髓主要浸泡在脑脊液中，若大脑部分发生病变，可以通过脑脊液反映脑和脊髓是否产生病变。
第三脑室发生病变时可能会引起脑积液循环障碍，造成梗阻性脑积水。如果病变比较严重，会出现高颅压及脑疝，病变严重时可能会危及生命。