益生菌口服制剂一般不可以长期吃。如果长期吃益生菌口服制剂，可能会使肠道内菌群失调，引起消化不良、腹泻、便秘等不适症状，反而不利于身体健康。
益生菌是肠道中有益菌的总称，主要包括双歧杆菌、乳杆菌和革兰氏阳性球菌。益生菌存在于人体肠道黏膜内，可以促进胃肠道蠕动，以及促进营养物质的消化、吸收，阻止致病菌与肠上皮细胞接触，分解有害、有毒物质等。科学、合理地补充益生菌有利于肠道健康，但不能长期服用益生菌口服制剂。
因为肠道菌群需要保持动态平衡，长期吃益生菌口服制剂会打破肠道菌群平衡，容易出现肠道菌群紊乱，进而损害肠道健康，出现消化不良、腹泻、便秘等胃肠道症状，而且还可能会使机体产生药物依赖性、抗药性，也不利于身体健康。
如果患者由于饮食不良、急性胃肠炎、食物中毒、痢疾、肠结核、溃疡性结肠炎等因素导致腹泻、腹痛、腹胀等不适症状，则可去往医院的消化内科或感染科就诊，完善触诊、粪便检查、血常规、细菌培养等检查，在医生的指导下使用益生菌口服制剂改善肠道微生态环境，如双歧杆菌三联活菌胶囊。