煮沸的牛奶还会乳糖不耐。乳糖不耐受是乳糖酶分泌减少引起的一种腹泻表现，与细菌感染无关。牛奶饮入后会刺激肠壁，并伴随出现腹泻，含有乳糖的牛奶加热、煮沸后依然会导致乳糖不耐的现象。
乳糖不耐受属于非感染性的原因，是由乳糖酶分泌减少引起，与牛奶是否煮沸或杀菌无关。牛奶中的乳糖无法通过高温被破坏，所以牛奶煮沸后饮用还是会出现明显的腹胀、腹痛、腹泻、排气增多等乳糖不耐症状。如需有效避免腹泻，应当选择低乳糖的牛奶或选择喝酸奶，以有效减少乳糖的摄入，从而改善胃部痉挛或者是腹泻等乳糖不耐现象。即使喝低乳糖牛奶时，乳糖不耐人群也要搭配固体食物，也可以在正餐后2小时内饮用牛奶。
如果有乳糖不耐的情况，建议通过改善饮奶习惯缓解乳糖不耐受带来的不适症状，可从少量饮奶开始，再逐渐增加。也可在进食含乳糖食物前服用乳糖酶，以帮助消化乳糖。