新生儿巨结肠一般不会自愈，该疾病通常是考虑受到遗传因素和环境因素的影响，也是小儿常见的先天性肠道畸形，需要及时去医院进行相关检查，在医生的指导下进行积极治疗。
新生儿巨结肠是由于直肠或结肠远端的肠管持续痉挛，粪便淤滞的近端结肠，可表现为排便延迟、不排胎便、呕吐等不适症状。如果不及时进行控制，还会导致新生儿出现营养不良、腹胀等症状。由于新生儿本身免疫力较低下，所以一般不会自愈，需要到医院进行干预治疗，如果任其发展会对胎儿的生长、发育造成极大的影响，家长需要在医生指导下选择保守治疗或手术治疗两种方式进行治疗。
如果新生儿巨结肠的症状较轻，可以通过让新生儿做扩肛治疗，或定期使用温盐水灌肠的方式促进新生儿排便，从而改善疾病引起的不适症状，但如果巨结肠的症状较严重，对宝宝的发育已经造成较大影响，需要在医生建议下进行根治手术，如结肠造瘘术等，进行积极的治疗，从而改善该疾病。