做肠镜小肠一般不能做到，肠镜检查主要用于大肠及回肠末端的检查，对于部分肠道清洁较好、身材娇小的患者而言可以看到一部分小肠末端，但无法看到完整小肠。对于小肠病变，可以通过行胶囊内镜、小肠镜或小肠造影等检查来诊断和治疗。
肠镜镜身长度有限，但小肠多有几米长，肠镜可进入回肠末端检查，无法进一步探及小肠并检查小肠有无病变。当怀疑小肠病变可选择胶囊内视镜、小肠镜等替代。胶囊内视镜是通过吞服类似小胶囊样的小镜头，随着胃肠蠕动不断向下移动，通过拍摄照片记录传到电脑中进行检查分析，该检查只能用于观察，无法进行活检治疗，对于肠梗阻、肠道狭窄人群不能使用，存在胶囊内镜滞留风险。
小肠镜作为内镜检查一种，需要通过经口和肛门进镜，从口进镜到一定部位后做标记，然后再从肛门进镜，到达标记部位。可用于检查小肠有无水肿、糜烂、溃疡以及是否存在小肠息肉、小肠癌等情况。还可通过服用对比剂、利用增强CT 扫描及后期处理来观察肠壁、肠腔及肠管外病变，属于无创检查，对于无法耐受小肠镜或存在胶囊内镜禁忌者适用。
做肠镜前建议前几天少进食易消化的少渣食物，避免 影响检查结果，做完肠镜后如出现腹痛、腹胀等严重不适症状时，建议及时就医。