一般情况下，纳豆红曲胶囊并没有副作用，但是过量摄入后会刺激胃黏膜，引起胃部不适。纳豆红曲胶囊属于一种保健食品，组成的成分均为食物及中药材，相对较安全，但建议严格遵照说明书使用。如果身体存在不适，免疫力较低或血脂较高，建议及时遵医嘱应用针对性药物治疗，不要自行盲目使用保健品，以免延误病情。
市面上售卖的纳豆红曲胶囊品牌较多，一般组成成分存在一定差异，但其均含有纳豆冻干粉、红曲粉。部分品牌纳豆红曲胶囊的主要原料为灵芝、红曲粉、枸杞子、黄精、纳豆冻干粉，含有洛伐他汀、红曲色素、纳豆激酶、纳豆菌、异黄酮等多种活性物质，具有红曲和纳豆的双重生物活性。具有一定的增强免疫力、辅助降血脂的保健功能，比较适宜免疫力低下者、血脂偏高者服用。但纳豆红曲胶囊是保健品，而不是药物，无法与药物一样起到治疗疾病的效果。
需要注意的是，纳豆红曲胶囊适宜人群外的人群不推荐食用，如少年儿童、孕妇、哺乳期女性。同时纳豆红曲胶囊不宜与他汀类药物同时使用，否则会导致他汀类药物成分在机体中过量，从而对身体产生不良影响。