商丘穴具有多种功效和作用，如健脾化湿、舒筋活络、治疗脾胃病症、缓解肝胆病症、减轻足踝痛等。但穴位的应用若用于治疗疾病，应先就医，由专业人员操作，不可自行盲目治疗，以免造成不良后果。
1、健脾化湿：商丘穴为足太阴脾经的穴位，脾主运化水湿，当刺激商丘穴时，能够调节脾经的气血运行，增强脾脏运化水湿的功能，对于体内湿气较重，表现为腹胀、大便黏腻、身体困重的人，通过刺激商丘穴，可以促进湿气的排出，改善这些不适症状。
2、舒筋活络：从经络循行来看，脾经与肢体的筋肉有着密切的联系，商丘穴位于足部，刺激该穴位能够使经络通畅，气血得以滋养筋肉。对于足踝部的筋肉拘挛、疼痛等症状，如踝关节扭伤后的局部疼痛、活动不利，刺激商丘穴可起到舒展筋骨、疏通经络的作用，缓解疼痛和恢复关节功能。
3、治疗脾胃病症：因为商丘穴是脾经穴位，与脾胃功能息息相关，在脾胃虚弱时，可能出现食欲不振、消化不良、腹胀、腹泻等症状。刺激商丘穴能够调节脾胃的运化和受纳功能，使脾胃功能恢复正常，例如，对于慢性肠炎患者，经常刺激商丘穴有助于减轻腹泻、改善肠道功能。
4、缓解肝胆病症：在中医理论中，肝脾之间存在着相互制约、相互影响的关系。脾经气血的通畅与否会影响到肝胆的功能，当肝胆出现病症时，如胁肋胀痛、口苦等症状，通过刺激商丘穴调节脾经气血，间接影响肝胆，起到缓解症状的作用。
5、减轻足踝痛：商丘穴位于足内踝前下方的凹陷处，其所在位置与足踝部的经络气血运行密切相关，当足踝部受到外伤、劳损或寒湿侵袭时，局部气血阻滞，产生疼痛。刺激商丘穴可以疏通足踝部的经络，促进气血运行，减轻局部的疼痛和肿胀，有助于足踝部的损伤修复。
商丘穴除了上述功效外，在现代研究中也可能与人体的神经调节、免疫功能等存在一定联系，在日常保健中，可以适当按摩商丘穴，但力度要适中，商丘穴与其他穴位配合使用时，能发挥出更好的治疗效果，如与三阴交穴配合可增强对脾胃的调理作用。