枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊是一种微生物复方制剂，用药后可以调理肠道菌群，恢复肠道菌群稳定，有利于改善肠道菌群失调导致的腹泻、便秘、腹胀等症状，该药物不建议长期服用，如果用药3天左右症状得到明显改善，就可以在医生指导下调整药量或停药。
枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊的主要成分是活菌，包括屎肠球菌、枯草杆菌，服用，可以为肠道补充健康菌群，使有害菌得到抑制，从而起到调理肠道菌群的效果。枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊用药后的疗效因人而异，主要与是否对症以及药物敏感性有关，如果是对症治疗且药物敏感性较好，一般用药3天左右可以见效，为避免长期用药带来的不良反应或副作用，通常建议症状改善后即可逐渐停止用药，以免造成调节过度，反而导致腹泻等胃肠道不适症状。枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊在用药后症状持续仍未改善，可能是病情较重或对药物成分不敏感导致，建议尽早复查，在医生指导下调整用药，以免延误治疗。
部分人群在用药后可能出现头晕、恶心、头痛、心慌等症状，如果不良反应比较明显，则需及时停止用药，症状一般可以自行缓解。此外，还需要在医生指导下严格按照剂量 用药，不可自行盲目用药，以免用药剂量不足而无法达到疗效，或是长期、过量用药，导致副作用的发生。