肥皂水灌肠是医院较为多见的操作，是将肥皂水溶液通过肛门经直肠灌入结肠，可以帮助软化粪便、刺激肠道蠕动，使肠道中粪便、积气排出体外，具有清理肠道、治疗便秘等作用。
1、清理肠道：肥皂水灌肠是医院常用的方法，通常用于给肛肠科手术病人清洁肠道。肛肠科手术的视野和范围主要集中在靠近肛门的乙状结肠和直肠，通过肥皂水灌肠可以将靠近肛门的乙状结肠和直肠的粪便、肠内容物清理干净，为肛肠科手术提供清洁视野。在肠镜检查准备过程中，如果发现吃完泻药的病人，肠道准备效果不佳，可通过肥皂水灌肠进行补救；
2、治疗便秘：便秘病人通常是在靠近肛门的乙状结肠和直肠处，有较硬的粪便残留，可能是年龄较大，括约肌功能下降，造成较硬的粪便在肛门堵塞，或肠道括约肌没有力量，使粪便排不出，通过肥皂水灌肠刺激肠道蠕动，可软化肛门附近较硬的粪便，利于排便；
3、其他作用：肠道可以参与营养物质吸收，当进食有毒物质后，可以通过肥皂水灌肠，稀释和清除肠道内有害物质，减轻中毒症状。如果高烧不退，通过肥皂水灌肠可以带走肠道内的热量，从而降低体温，减轻发烧症状。
如果临床决定使用肥皂水灌肠，需注意急腹症、消化道出血、肝性脑病、严重心脑血管疾病的病人，以及妊娠期女性，不能使用，避免肥皂水灌肠对肠道造成刺激，加剧肠道收缩，导致血压升高或促进宫缩等。