临床为预防手足口病，建议适龄儿童接种手足口病疫苗，两针间隔时间一般是1个月。如果到接种第二针时间出现特殊情况，比如发热、急性腹泻，应在症状控制之后尽早接种。
手足口病疫苗可以预防相关病毒感染，尤其是肠道病毒71型(EV71)。这种病毒感染可引发重症手足口病，机体危害较大。一般建议出生6个月以后进行接种，同时应在1岁之前完成。两针需要间隔一段时间，一般30天左右即可，此时衔接完成免疫接种程度，可有效提高接种效果。
但部分儿童可能由于突发原因导致接种时间延长，如期间有感冒发生，或有不明原因发热，或其他急性疾病症状等，均不适合在身体不适期间进行接种。可在身体康复之后完成免疫接种，但间隔时间一般不建议超过3个月。
这种疾病一般在夏、秋季节高发，而疫苗接种之后通常3周左右才产生有效抗体，所以建议有条件者，尽量在疾病高发季节之前1个月就进行接种。这种疫苗预防效果并不是100%，所以规范完成免疫接种之后依旧需要加强日常护理，如注意饮食卫生、呼吸道卫生等。