凌晨1-2点醒、咳嗽，首先可能是由于夜间低温，空气干燥、刺激导致气道痉挛，建议患者调节室内温、湿度，同时做好保暖。若症状仍不改善，或长期反复出现上述症状，应警惕是否存在呼吸系统疾病、心血管疾病以及消化系统疾病等。
一、呼吸系统疾病：
1、支气管哮喘：夜间及凌晨发作或加重的哮喘、咳嗽症状，是支气管哮喘的重要临床特征，若患者以咳嗽为唯一症状，则称为咳嗽变异性哮喘。多与气道炎症、气道高反应性等因素有关，临床常用布地奈德、氟替卡松、倍氯米松等糖皮质激素类药物治疗，联合沙丁胺醇、特布他林、氨茶碱、异丙托溴铵等药物治疗，可在一定程度上控制病情；
2、其他疾病：如肺炎、肺结核、支气管炎等疾病也常引起患者咳嗽的症状，而夜间迷走神经兴奋，再加上环境刺激，可能会造成凌晨1-2点醒、咳嗽的症状，患者应及时前往医院明确病因，进行针对性治疗。
二、心血管疾病：
1、左心衰竭：夜间阵发性呼吸困难是左心衰竭的典型表现，由于迷走神经张力增加、小支气管收缩、肺活量减少等因素影响，患者可能会出现凌晨1-2点醒、咳嗽的现象，同时有突然憋气惊醒、呼吸困难、端坐呼吸等症状。临床上多用呋塞米、氢氯噻嗪、螺内酯等利尿药改善心衰症状，联合地高辛、米力农等正性肌力药物，以及依那普利、普萘洛尔等药物改善心功能；
2、其他疾病：如急性心衰并发肺淤血、肺水肿、高血压、冠心病，或心血管疾病并发支气管炎等呼吸系统疾病时，可能会出现凌晨1-2点醒、咳嗽的现象，患者应及时完善心电图、胸部X线、超声心动图等检查，确诊后积极治疗。
三、消化系统疾病：
常见胃食管反流，由于平躺时胃酸易反流至呼吸道，引起凌晨1-2点醒、咳嗽的现象。同时，患者还可伴有烧心、上腹痛、恶心、嗳气等症状。临床中常给予奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等抑制胃酸分泌的药物，多潘立酮、莫沙必利等促进胃肠动力的药物，以及硫糖铝、枸橼酸铋钾等保护胃黏膜的药物治疗。症状严重、合并食管裂孔疝等情况者，建议行手术治疗。