眼皮上出现透明的小泡，磨眼睛，可能是由于睑腺炎、结膜炎、睑皮炎、结膜结石、结膜囊肿导致的，要根据具体情况进行分析。
1、睑腺炎：是睫毛毛囊附近的皮脂腺或睑板腺的急性化脓性炎症，可能是由于眼睑腺体阻塞，或者眼睑皮肤接触葡萄球菌感染引起的，可能会导致局部出现水泡磨眼睛、红肿、疼痛等症状。患者可以遵医嘱使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等药物来杀灭细菌，快速抑制其活性，同时可使用温毛巾或者热敷眼罩做眼部热敷，使睑板腺分泌物软化，促进其排出，促使小水泡消除。
2、结膜炎：是由各种因素，如理化因素刺激、微生物感染引起的结膜炎症的发生，由于炎症的刺激，可能会导致结膜肿胀、充血，还可能会出现眼睑部位出现透明小水泡的情况，大多是结膜的滤泡，还可能会伴有眼睛酸痛、流泪眼睛分泌物增多、眼睛红肿等症状。一般可以遵医嘱应用妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。
3、睑皮炎：主要是指发生在眼睑部位的皮肤炎症，如果患者不慎接触粉尘等过敏原，并用手揉眼睛，可能会引起过敏反应，可能会造成皮下形成积液，导致患者出现上眼皮有透明小水泡的情况，建议患者遵医嘱服用盐酸苯海拉明片、氯雷他定片等抗组胺药物进行治疗。另外，如果患者的眼睑部位感染了病毒，如疱疹病毒，多表现为迅速发生的群集性小水泡，也可能会导致局部出现水泡，磨眼睛的情况，可以遵医嘱应用更昔洛韦眼膏等药物进行治疗。
4、结膜结石：是睑结膜表面出现的黄白色凝结物，由于眼皮表面的睑结膜组织内部有代谢产物或脂肪堆积等，可能会导致出现透明的小泡，会突出于结膜表面，从而引起眼部摩擦。可以在医生的指导下使用左氧氟沙星滴眼液等药物治疗，以控制炎症反应，也可以通过手术治疗的方式来剔除结膜结石。
5、结膜囊肿：指发生在任何部位的结膜下的囊肿，多表现为下睑穹窿上可见囊样透明隆起，边界较清，可逐渐增大，所以患者眼皮上可出现透明水泡。可配合医生局部或全身应用抗生素类药物，如左氧氟沙星滴眼液、红霉素眼膏、头孢呋辛等，也可以通过手术治疗的方式切开脓肿，以达到根治疾病的目的。
出现上述不适症状后，建议患者及时到正规医院的眼科就诊，通过眼底检查等明确病因，并进行针对性治疗，同时应该多喝温水，注意眼部卫生，避免用脏手揉眼睛。