虫草花长毛后出于健康考虑不应再食用，及时丢弃即可，平时应注重正确的保存方法来延长其保质期，确保食用时的安全性和品质。购买后的虫草花尽量在较短时间内食用完，以降低因保存时间过长而出现变质长毛的风险。
虫草花在适宜的温度、湿度等条件下，如果保存不当，就可能滋生霉菌等微生物从而长毛。霉菌可能会产生对人体有害的毒素。即使将长毛的部分去除，肉眼看不到的霉菌菌丝可能已经深入到虫草花内部，食用后可能会引起胃肠道不适，出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，长期或大量食用还可能对肝脏等器官造成损害，影响身体健康。
一旦发现虫草花长毛，正确的做法是直接丢弃，而不是试图通过清洗、晾晒等方式来挽救。因为简单的清洗很难将霉菌及其毒素彻底清除干净，晾晒也无法消除已经产生的有害成分。
为了避免虫草花长毛，在保存时要注意，将虫草花放在干燥、通风良好的地方，可以使用密封袋或密封容器进行封装，减少与外界潮湿空气的接触。如果条件允许，可以将虫草花放在冰箱冷藏室中，低温环境能在一定程度上抑制微生物的生长繁殖。