扁桃体窝里有好多小肉疙瘩，引起这种情况的原因比较多，常见有扁桃体淋巴组织增生、扁桃体乳头状瘤、淋巴瘤等，具体的原因和病情的严重程度存在个体差异，需要根据具体的病情进行针对性治疗。
1、扁桃体淋巴组织增生：扁桃体属于咽部的正常结构，主要的成分是淋巴组织，在遭遇炎症反应刺激或长期进食辛辣食物以后，就会刺激扁桃体组织引起增生，表现为扁桃体窝里有好多小肉疙瘩，还可能会伴随咽部异物感、咽部瘙痒、刺激性干咳等不适，可以用吸入用布地奈德混悬液进行雾化治疗；
2、扁桃体乳头状瘤：是由人乳头状瘤病毒感染引起，会导致扁桃体表面形成乳头状瘤新生物，也就是扁桃体窝里有好多小肉疙瘩，引起咽部异物感，做喉镜检查可以初步判断，该疾病药物保守治疗效果不佳，建议采取扁桃体及乳头状瘤切除术，术后还需要长期规律复查，观察有无复发；
3、淋巴瘤：属于一种恶性的血液淋巴系统疾病，目前发病原因尚不明确，好发于单侧的扁桃体，会导致扁桃体窝里有好多小肉疙瘩，引起发烧、咽喉异物感、乏力、胃口不佳等，做活检可以明确。目前常用的治疗方案是根治性的化疗，部 分患者需要配合放射治疗，可应用醋酸泼尼松片、利妥昔单抗注射液等药物，而且需要终身复查随访。