进行肛周彩超检查时，可以采用经肛门外及肛门内两种方式，体位可以采取侧卧位、胸膝位等，通过超声探测所检查区域，明确具体情况后，可指导临床治疗。
1、经肛门外检查：该检查是在肛门外通过彩色多普勒超声探测肛门及周围组织是否存在病变，患者可以取侧卧位、胸膝位，检查医生于超声探头涂抹耦合剂，并在受检部位来回滑动，患者一般不会有不适感，可以检查出是否存在脓肿、肛瘘、囊肿等病变；
2、经肛内检查：即直肠内超声检查，通过超声探头插入肛门直肠内，探查肛管直肠内的病变。检查前会局部涂抹润滑剂起到润滑作用，减轻患者不适感，然后将超声探头缓慢插入肛门直肠内检查，检查过程中患者会有轻微肛门坠胀不适，检查过程较快，检查前为了避免影响观察，需要排空大便。经肛内检查对于肛瘘瘘管的走行、黏膜下肿物的诊断较肛门外彩超更为准确，但患者不适感较肛门外彩超检查强烈。
当进行肛周检查时，可采取经肛外及肛内两种方式，需要根据患者具体病情采取合适的检查方法。两种检查方式时间都较短，一般都可以耐受。