小檗碱为肠道抗感染药，常用剂型为片剂，即盐酸小檗碱片，对痢疾杆菌、大肠杆菌引起的肠道感染有效，如胃肠炎，在使用过程中的副作用较少，偶有恶心、呕吐、皮疹和药热，停药后消失。此外，部分人群在使用小檗碱可能会出现皮疹、皮肤瘙痒等过敏反应。
需要注意溶血性贫血患者、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏患者以及对此药物过敏的人群应禁用小檗碱，女性妊娠期头3个月慎用。如果服用过量，或者出现较为明显、严重的副作用，应立即就医，以免对身体造成不利影响。另外，在用药期间要注意合理的饮食，不建议吃生冷或者刺激性食物，比如雪糕、辣椒等，可能会影响到药物药效影响到治疗效果。通常可以多吃一些富含蛋白质和维生素的食物，能够补充身体所需要的营养成分，有助于提高自身免疫力，帮助疾病恢复。