甲硝唑和奥硝唑均属于硝基咪唑类抗生素药物，主要用于抗厌氧菌，两者的区别主要在于药物类别、药物持续时长、药物副作用、特殊人群用药以及是否出现双硫仑样反应。
1、药物类别：甲硝唑属于第一代药物，奥硝唑属于第三代；
2、药物持续时长：通常甲硝唑类药物的半衰期在8小时左右，而奥硝唑类药物的半衰期在14小时左右，所以相对来讲奥硝唑的药效持续时间较长；
3、药物副作用：甲硝唑类药物的副作用一般包括恶心、呕吐等消化道症状，头晕、头痛等神经方面症状，还有荨麻疹、潮红、瘙痒等皮肤方面症状，大量服药可能会导致抽搐。而奥硝唑类药物副作用为胃肠道症状以及神经方面症状，并且程度都比较轻，同时还比较少见；
4、特殊人群用药：通常对于孕妇以及哺乳期女性来讲，甲硝唑类药物属于禁用药物，而奥硝唑类药物可谨慎使用。而对于儿童或老年人，甲硝唑类药物并没有相关试验与可靠文献支持，而奥硝唑类药物对于6kg以上的儿童可根据体重用药，而老年人可同成年人用药；
5、是否出现双硫仑样反应：对于服用甲硝唑类药物的患者应禁止饮酒，以免诱发双硫仑样反应，而服用奥硝唑类药物的患者，则不严格禁酒，一般不会出现双硫仑样反应。
对于上述药物适应证的患者，建议到医院就诊，由医生综合多种因素给予相应药物治疗。