三个月婴儿有头皮屑可以通过日常护理进行改善，如果是疾病所引起，如湿疹、头癣，也可以通过涂抹药膏的方法进行治疗，要根据具体的病因采取治疗方式。
1、日常护理：如果头皮屑是由于皮脂腺分泌旺盛所造成，有可能会导致分泌物和头皮的脏东西聚集在一起，如果已经形成头痂，可以涂抹婴儿用的润肤油将头痂泡软，一般在20分钟左右头部结痂部位则会被软化，然后把头上的污垢洗掉，在清洗的时候要注意轻柔，同时做好保暖措施，避免着凉。如果三个月婴儿头皮屑较多，可以使用婴儿专用的洗发产品定期清理，需要多次清洗才能够改善三个月婴儿有头皮屑的情况；
2、涂抹药膏：如果婴儿头上的头皮屑是由于湿疹或者头癣所引起，多伴有剧烈瘙痒，尽量不要用手抓挠，因为手上有一些细菌，如果把头皮抓破，容易出现感染的症状，需要及时到医院皮肤科就诊，可在医生指导下使用抗真菌或者抗感染的药物进行治疗，比如克霉唑乳膏或者曲安奈德益康唑乳膏，有助于改善三个月婴儿有头皮屑的情况。