孕囊芽差即孕囊与胎芽的差值，一般情况下，通过B超检查可明确孕囊与胎芽数值，能够辅助判断妊娠时间。而用孕囊的数值减去胎芽的数值，其结果可用于观察胚胎的发育情况。
如果想要明确具体数值需先计算孕囊，孕囊大小值（mm）=（孕囊长+宽+高）mm÷3，再计算出胎芽，胎芽=孕龄（周）-6.5，最后再用孕囊减去胎芽，即可得出结果。孕囊可在怀孕早期通过B超检查进行观察，在孕40-50天可形成胎芽，胎芽被包裹在孕囊中，后期孕囊可发展为胎盘，而胎芽逐渐发育形成胚胎，在羊水中生长发育。正常情况下，在孕9周左右时，孕囊与胎芽的差值在14-18mm，属于胎儿正常的发育表现，若出现异常数值，则可能提示胎儿发育异常。
如果数值≤13mm则判断为小孕囊，如果HCG值、孕酮值正常，并逐渐出现正常胎心，则可能是由于受孕时间较晚所致，可继续妊娠，如果是由于孕期受病毒感染导致孕囊发育不良，且无法明显观察到胎心，则考虑孕囊异常，需咨询医生是否继续妊娠。而如果数值≥19mm则判断为大孕囊，可按时产检进行观察，如是两个胎芽，可能为双胞胎的可能，如不是两个胎芽，且一到两周后出现宫腔积液，则需遵医嘱补充黄体酮给予保胎治疗。