HPV疫苗只打了两针，一般不能创立完全的免疫机制，如果条件允许，建议在规定时间内再接种第三针。如果因自身原因不能接种，建议停止第三针接种，问题解决后再开始新一轮接种。
无论是二价疫苗、四价疫苗，还是九价疫苗，都需要接种三针才能起到免疫防御作用，而且要在一年内完成接种。如果在HPV疫苗只打了两针后，怀孕或者出国等因素，都会影响第三针接种。若女性未怀孕，建议在规定时间内再接种第三针，若第三针接种时间已经超出预计的时间或怀孕，建议妊娠终止后，在第二针接种完成一年后，重新做宫颈癌筛查，没有问题的情况下再从第一针开始接种，并且在一年内完成接种三针的任务，重新在体内创立免疫机制。
即使女性在一年之内，已经接种完三针HPV疫苗，但由于HPV疫苗预防并不能达到百分之百，仍然建议女性坚持每年做一次宫颈癌筛查。