冲牙器用久了内部会有水垢的沉积和残留，也会有口腔内细菌沿着冲牙器的冲头进入内部，容易产生异味、滋生细菌，应定期进行清理。可使用清洁药片和刷子进行化学和物理的双重清理。
1、化学清洁：先用温水将冲牙器水箱注满，然后可以将假牙清洁片或泡腾片放入水箱内，待药片完全溶解后摇晃冲牙器，使溶液混合均匀发挥作用，静置10-15分钟，这段时间内冲牙器内部的污垢大部分都可以被溶解。再将冲牙器喷嘴对准下水口启动，使水箱内液体通过喷嘴完全喷出，能起到将喷嘴狭长的内部管道也用溶液浸泡的效果，化学浸泡有利于提高用刷子刷洗时的清洁效率；
2、物理刷洗：水箱内溶液清除后不可用清水冲洗，应直接使用刷头较细的毛刷刷洗，这样溶液可进一步发挥作用。建议使用冲牙器专用刷，或者干净的废弃牙刷，对冲牙器水箱内部进行细致刷洗。还应将喷嘴拆下，与冲牙器的连接处也要进行清理。最后水箱注满清水，再由喷嘴喷出，整个冲牙器清理完毕，建议每周彻底清理一次。