顽固性便秘患者便秘时间多长达数年至数十年，应用通便药物效果较差。常用的调理、治疗方法有生活饮食改变、药物治疗、生物反馈治疗等，具体治疗方案因人而异。
首先，生活饮食调理是基础治疗，食物不可过于精细，要多吃富含膳食纤维的食物，如粗粮、芹菜等，因膳食纤维能使粪便膨胀、体积增大，利于软便形成而顺利排出。同时要多喝水，每天2000ml以上，保持肠道有足够的水分，使粪便松软。养成定时排便的习惯，不宜经常抑制便意，培养排便条件反射，建立排便的生物钟。建议增加运动锻炼，尽量避免久坐、久站，坚持一定量户外活动，促进肠蠕动有利于排便。
其次，药物选择方面，可选用渗透性的缓泻剂，比如聚乙二醇、山梨糖醇、乳果糖等，可以增加粪便中的水分，有利于软化大便，促进大便的排出。对于慢传输型便秘，可使用促进胃肠动力的药物如枸橼酸莫沙必利等。适当补充益生菌，通过调节肠道菌群，改善便秘症状。但是此类药物的使用，应在医生指导下服用，以免自行服用产生不良反应，临床中常见不规范服用强效泻药导致结肠黑变病的情况。
饮食调整或药物治疗仍无法缓解时，还可进一步考虑生物反馈治疗、外科手术治疗等，需咨询专业医生。