梅毒第二针通常不可以晚5天打，若推迟注射，可能会导致药物浓度降低，并导致暴露时间缩短，不利于彻底杀灭梅毒螺旋体。梅毒是由苍白密螺旋体梅毒亚种导致的全身慢性感染，梅毒螺旋体对青霉素较为敏感，杀灭梅毒螺旋体时，需要青霉素达到某一特定浓度，并维持一定时间，才能有效将梅毒螺旋体杀灭。
长效青霉素如苄星青霉素，注射后会在注射部位形成一个药库，从而缓慢释放青霉素，使梅毒螺旋体与青霉素长期接触而被杀灭。若梅毒第二针晚5天打，此时药库的青霉素已经释放完毕，因机体代谢而导致青霉素浓度降低，甚至消失。这样就无法有效杀灭梅毒螺旋体，有可能引起治疗效果降低甚至治疗失败，因此不建议梅毒第二针晚5天打。若无法按时接受注射，也应与主治医生沟通，评估是否需要增加注射频次或改用其他治疗方案，以尽可能实现对梅毒的彻底治疗，防止治疗失败。