头孢克肟药效一般在体内存留20个小时左右的时间。头孢克肟属于第三代头孢类抗生素，进入体内后所需要代谢时间，一般与药物半衰期、机体新陈代谢速度有关。
头孢克肟进入体内后所需要的代谢时间，与药物半衰期有关，头孢克肟在人体血浆中半衰期为3-4个小时，通常情况下，如果肝肾功能完全正常，服用头孢克肟后需要5个半衰期，才能将体内头孢克肟完全排出体外，5个半衰期大约20个小时。另外头孢克肟药效与机体新陈代谢速度也有关，如果患者肾脏功能不好，无法有效代谢头孢克肟，不能经肾脏有效排出，头孢克肟的血药浓度将持续存在，而且完全代谢的时间也将相应延长，因此需要减量使用。
头孢克肟也需要经过肝脏解毒，如果患者肝功能不好，有肝硬化、腹水等肝功能衰竭情况，需要减量使用头孢克肟。如果患者在使用头孢克肟期间出现肌酐、尿素氮明显升高，应及时停用头孢克肟，以免引起头孢克肟在体内蓄积、中毒。