克霉唑栓和甲硝唑栓都是阴道局部用药，都属于抗菌类药物，但是二者也存在一些区别，如抗菌谱不同，治疗的妇科疾病不同。
1、抗菌谱不同：克霉唑栓属于抗真菌类药物，具有广谱抗真菌的活性，对多种真菌，尤其是白色念珠菌有比较好的治疗效果，作用原理主要是抑制真菌细胞膜的合成，影响细胞代谢。而甲硝唑栓中的甲硝唑为硝基咪唑的衍生物，具有杀灭滴虫和抗厌氧菌的作用；
2、治疗的妇科疾病不同：因为克霉唑栓和甲硝唑栓的抗菌谱不同，所以二者能够治疗的妇科疾病也不同，克霉唑栓主要是用于治疗外阴阴道假丝酵母菌病，而甲硝唑栓主要是治疗滴虫性阴道炎和细菌性阴道病。
在使用克霉唑栓和甲硝唑栓之前，建议患者到医院就诊，明确诊断后遵医嘱用药，以免滥用药物而出现耐药和延误治疗的情况。