y基因和x基因在临床上是指Y染色体、X染色体，两者的区别在于大小不同、决定的性别不同、结构不同、编码基因数量不同、对外界环境敏感度不同等。
1、大小不同：Y染色体的体积要比X染色体小，长度也比X染色体短。
2、决定的性别不同：X染色体和Y染色体被统称为性染色体。如果从父亲那里遗传得到了Y染色体，就是男性，如果从父亲那里遗传得了一条X染色体，就是女性。
3、结构不同：X染色体是一种亚中着丝粒染色体，短臂较长，中央部有一大的深带，Y染色体的短臂则很短。
4、编码基因数量不同：Y染色体编码的基因数量不超过700个，而X染色体则负责编码超过3000个基因。
5、对外界环境敏感度不同：改变溶液的酸碱性就能实现X染色体和Y染色体的分离，原因就在于Y染色体对外界环境更加敏感。在酸性环境下，温度升高和氧化压力升高会导致Y染色体的移动性迅速下降。相反地，碱性环境下X染色体的移动性会大打折扣。
除以上不同外，两者所致疾病也不同，但两者主要区别是决定的性别不同。