通常情况下，眼睛大小是由具有显性基因和隐性基因的等位基因决定，而非仅由单个的显性基因或者隐性基因而决定。一对染色体上通常存在多对等位基因，每对等位基因一般存在显隐关系，而眼睛的大、小，也受到等位基因的控制。
在等位基因里面，控制显性性状的基因通常称之为显性基因，而控制隐性性状的基因则称之为隐性基因。当控制同一性状的基因皆为隐性基因的时候，其隐性性状方可表达出来。眼睛大是由显性基因控制的显性性状，而眼睛小是由隐性基因所控制的隐性性状。如果将控制眼睛大的基因称为A，将控制眼睛小的基因称为a。对于眼睛大的人群，其基因通常为AA或Aa，而眼睛小的人群的基因为aa。如果夫妻双方皆眼睛大，而且其基因为Aa。根据孟德尔遗传定律，存在1/4的可能性能生出基因为aa的眼睛小的孩子。但如果夫妻双方皆眼睛小，通常只可能生出眼睛小的孩子。
在日常生活中，眼睛小的夫妻通常无法生出眼睛大的孩子，而眼睛大的夫妻则可能生出眼睛小的孩子。眼睛的大小受基因决定，若觉得眼睛小影响美观，可遵医嘱通过割双眼皮等方式进行改善。