清肠可以将体内部分代谢产物或有害物质清除并排出体外，因此定期清肠有一定好处，但临床并不提倡采取定期清肠的方式来维持身体平衡，因为过度、频繁的清肠对体内微生态环境，包括菌群以及部分肠道功能，有一定负面影响。
虽然适当清肠可以帮助肥胖病人控制体重，减轻肠道负担，同时利于人体消化和吸收，帮助消除口臭，有助于预防部分肠道疾病，但如果自身无特殊疾病，则没有必要定期清肠，因为对于身体健康的人群而言，定期清肠可能造成肠道菌群失调，影响肠道功能。体内含较多细菌，多数细菌对人体有益，通过细菌发酵、分解，可使营养物质更易吸收，同时还会合成对人体有用的物质，体内细菌本身可以起到清肠作用，帮助有害物质随粪便排出，因此无需定期清肠。另外，部分特殊病人，如肝硬化、尿毒症病人，由于肝脏、肾脏功能损伤，自身无法完全将体内有害物质清除，为减少肝脏、肾脏的负担，通常建议此类病人长期服用某些缓泻剂，以减少粪便在肠道内的停留时间，从而减少有害物质吸收，此类病人也不能定期清肠。
如果病人自身存在便秘等状况，建议调整饮食，日常生活中多摄入绿色纤维的蔬菜和水果，如 青菜、菠菜，以及梨、苹果等，同时可以进行适当体育运动，比如打羽毛球、慢跑等，多饮水，多排尿，养成定期排便的习惯，有助于缓解便秘情况，而不能依赖于定期清肠。