肠内营养和肠外营养都是为机体供给营养的方式，二者输入营养的方式、营养的吸收效果、应用时间不同，此外费用、引发并发症这些方面，均有很大的区别。
1、输入方式：肠内营养是指各种营养素通过口服、鼻胃管、十二指肠置管、鼻空肠置管等方式进入患者胃肠道，使营养物质消化、吸收，而肠外营养是指以中心静脉和周围静脉途径的方式，通过血液循环来补充营养；
2、吸收效果：从营养成分而言肠内营养供给的比较全面，配方可涵盖多种营养成分，能够均衡、全面地补充营养，而肠外营养能补充的营养素相对来说比较单一，多是碳水化合物、脂肪乳、维生素、电解质等；
3、应用时间：肠内营养可以长期、连续的使用，能够帮助改变患者的胃肠道功能，以增强体质，有利于改善身体的各项生理功能。但肠外营养只能在特定的短期时间内使用，因为肠外营养要通过静脉注射的方式进行供给，而患者不能够长期进行静脉注射大分子药物，所以其应用时间也具有限制；
4、费用：肠内营养的费用来说相对较低，而肠外营养的费用相对来说比较高；
5、并发症：肠内营养的并发症比较少，输注速度过快时患者可能会出现恶心、呕吐等，但改善输注速度后多可改善。肠外营养的并发症相对比较多，如气胸、血管神经损伤、胸导管损伤、空气栓塞等，还可能出现一些代谢并发症，例如血清电解质紊乱、微量元素缺乏、血糖波动、肝功能异常等，甚至还可能会引起胆囊结石、胆汁淤积，还有些患者会出现肠源性感染等。
综上所述，如果患者需要长期的补充营养，应根据个人病情在医生指导下选择更合适的营养供给方式。临床上很多疾病比如肠肿瘤术后、克罗恩病、急性重症胰腺炎等，这些患者均需要进行肠内营养以改善疾病状态。