复方甲硝唑阴道栓主要通过阴道给药，用药前一般需要对外阴部位进行冲洗，起到清洁作用，而使用后通常不需要冲洗，刻意冲洗还可能会影响治疗效果。
复方甲硝唑阴道栓为抗厌氧菌药物，治疗阴道炎症的效果较好，一方面可以起到抗炎、抗感染的功效，另一方面还能够促进阴道黏膜创伤的愈合。该药主要治疗女性的滴虫性阴道炎、细菌性阴道炎等，使用药物前，建议先清洗外阴、阴道后，将药品送入阴道深部。若复方甲硝唑阴道栓用后冲洗，有可能会加重阴道炎症和感染，甚至会上行感染至宫腔，引起宫腔炎症等，所以不建议用药后刻意地进行冲洗。
在用药期间注意个人卫生和清洁，穿纯棉透气的衣裤，将药物塞入阴道后避免进行过多走动和活动，防止药物脱落。禁止性行为，防止交叉感染，以免影响治疗效果等。一个疗程用完后，建议月经干净后去医院复查阴道分泌物，评估疗效，根据化验结果及时调整用药方案。