坐时间长了阴囊根部隐痛，通常有生理性因素和病理性因素等原因，需要结合相关检查结果来确诊，并在医生的指导下进行对症治疗。
一、生理性因素：
通常是由于长时间的坐姿不良导致局部血液循环不畅，从而导致患者出现阴囊根部隐痛的现象，可以通过适当运动来促进局部的血液循环，从而缓解疼痛。
二、病理性因素：
1、前列腺炎：通常是由于不良的生活习惯或者细菌感染所导致，长时间的久坐炎症介质会刺激膀胱，从而引起疼痛，可表现为阴囊根部隐痛，还会伴有尿不尽、尿无力、排尿困难等症状，可以在医生的指导下使用阿奇霉素、左氧氟沙星等药物进行治疗；
2、阴囊湿疹：常因阴囊受到内裤摩擦、出汗较多、清洁不到位等因素导致，长时间的久坐会使湿疹受到刺激，导致阴囊出现疼痛、瘙痒等现象，通常还会伴有红肿。可以在医生的指导下使用氯雷他定、硫唑嘌呤等药物来治疗；
3、阴囊炎：通常是由于金黄色葡萄球菌、链球菌等细菌感染导致阴囊皮肤及皮下的感染，长时间久坐炎症介质会刺激阴囊，表现为阴囊根部隐痛，且伴有皮肤红肿、瘙痒等症状，可以使用甲硝唑、左氧氟沙星等药物进行治疗。