做肠镜清肠时一般要清到无渣、清水样便为最佳状态。肠镜检查时建议将肠道排空，检查效果较好，不容易遗漏病变。患者一般于检查前3天应注意无渣饮食，减少粗纤维食物以及带籽食物的摄入，最好以流质饮食为主，也可遵医嘱提前服用聚乙二醇电解质散剂或硫酸镁溶液，也可在医生指导下配合服用乳果糖、蓖麻油或者番泻叶等。检查前一天与检查当天，均需要服用医生配制的溶液，服用后注意多运动，促进胃肠道蠕动进行肠道排空，一般进行5-10次以上排泄，即可达到较好的清肠效果。
判断肠镜清肠效果，一般以粪便呈清水样为标准，其中不含有粪渣或仅含有极少量粪渣，此时肠黏膜表面基本光滑，没有粪便附着，肠腔内没有大便积聚，这时进行肠镜检查最为准确，因为如果附着粪便会影响观察视野、遗漏病变。因此清肠是检查肠镜中比较重要的环节，一定要引起重视，另外清肠期间也要注意补充电解质，防止脱水现象出现。