口腔里面脸颊两侧有两个小孔，考虑是扁桃体窝以及唾液腺导管开口等正常生理结构，不需要特殊处理。如果小孔伴有局部不适，则可能由于口腔溃疡、咬合创伤等因素引起，建议及时就医检查明确。
1、口腔溃疡：主要与免疫力低下、维生素缺乏、激素水平变化、感染等因素有关，表现为口腔两侧脸颊都出现较深的溃疡看起来像小孔，多伴有疼痛、烧灼感。口腔溃疡可在医生指导下使用桂林西瓜霜、冰硼散等药物进行治疗；
2、咬合创伤：如果咬合关系紊乱，口腔内存在残根、残冠等不良修复体，容易出现咬合创伤引起脸颊两侧黏膜损伤，看起来像有两个小孔。需要去医院口腔科进行调合，必要时需要及时进行正畸治疗。
建议日常养成良好的口腔卫生习惯，尽量少吃坚硬、辛辣刺激食物，按时刷牙，饭后漱口，积极预防口腔疾病的发生。